Schiffe lassen sich nur im RTS-Modus anwählen. Dann sollte es klappen :)
Im Zweifel ein paar Blöcke ringsherum abreißen, oder die Docking Bay (da ist die Hitbox vllt noch etwas zu groß). Wobei das natürlich nicht die Lösung sein sollte... wenn du denkst, dass es sich um einen Bug handelt, poste das doch bitte mal mit Screenshot im SE Forum.
Das Startschiff ist ja auch ein Level 1 Schiff, das muss scheiße sein, sonst gibt's ja keinen Grund, bessere zu entwerfen